Целями деятельности государственного природного заповедника «Васюганский» являются:

1. осуществление охраны природных территорий в целях сохранения биологического разнообразия и поддержания в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов
2. организация и проведение научных исследований
3. осуществление государственного экологического мониторинга (государственного мониторинга окружающей среды)
4. экологическое просвещение и развитие познавательного туризма
5. содействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды.