Целями деятельности природных заповедников «Васюганский» являются объекты охраны объектов, предназначенных для целей биологического разнообразия и использования в естественном состоянии охраняемых природных комплексов и объектов, организации и проведения научных исследований, сбора государственного экологического мониторинга (государственного мониторинга среды), экологического просвещения и развития познавательного туризма, а также участие в производстве научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды.